Malgrat la puixança del budisme a la Índia, sobretot a la meitat nord, el reconeixement del Buda, la potència de les seves universitats i el suport sostingut de diferents dinasties reials, el budisme va acabar gairebé per desaparèixer a l'Índia. En època moderna s'ha mantingut en petites zones muntanyoses properes a l'Himàlaia com Ladakh o Sikkim, en zones de Bengala oriental, i al centre a Madhya Pradesh, a més dels veïns estats de Sri Lanka, Nepal i Bhutan. Els historiadors no es posen d'acord sobre les causes de la seva desaparició. El més probable és que fos una letal combinació de molts factors adversos. Els principals potser van ser, d'una banda, la fricció constant (de vegades sagnant) amb l'hinduisme i, també amb els terratinents hinduistes que ambicionaven les seves possessions i, d'altra banda, la invasió musulmana dels segles XII-XIII, que va arrasar i va aniquilar massivament als seus monjos i va destruir els antics vihāras i universitats, i amb ells els seus centenars de milers d'escrits.
Si en gran manera hinduisme i islamisme van laminar la presència del budisme per la força de les armes o les lleis, també cal fer avinent altres dos factors. D’una banda el ressorgiment del bramanisme tradicional a través de les noves escoles hinduistes (saivites, visnuïtes i shaktites, sobretot), que li disputaven la primacia ideològica al budisme, considerat una heretgia vèdica, assolint l’adscripció de poderosos nobles, rajas i d’una ample base social. I d’altra banda, la pròpia crisi del model budista indi a partir de dos paràmetres: l’evidència de l’allunyament del budisme respecte al que havia de ser suport i assistència espiritual a la gent comú, cosa que sí sabien fer els hinduistes; i el corromput funcionament del budisme indi de llavors, ja que els monestirs s’havien convertit de fet en grans terratinents, entrant en col·lisió amb interessos profans i, per si fos poc, comportant que una gran part dels pagesos quedessin sotmesos a ells en un estat de pràctica servitud. Si això ho situem en el moment de la invasió musulmana, i recordem que un musulmà no pot ser servent d'un no creient, entendrem que, com va passar a la Hispània de segle VIII, als serfs de la terra els costés poc fer-se creients musulmans per a evadir-se dels seus senyors.
Efectivament, a banda de l’hostilitat hinduista envers el budisme, la persecució musulmana o la corrupció del sistema budista, encara hi hauria altres raons més profundes i ideològiques. De fet, es podria dir que el seu declivi ja s’havia anat gestant alguns segles abans de la invasió musulmana amb la prevalença d’actituds socialment marginadores: primer envers les dones, tant en l’àmbit social i familiar com en el religiós, fins al punt de provocar la total eliminació dels monestirs de bikhunis (es creu que en el segle III no hi hauria en tot l’Extrem Orient més que uns tres monestirs de dones); i segon, el budisme s’havia anat desarrelant del poble per esdevenint una casta religiosa segregada. Contradient al mateix Buda, havien assimilat el vell sistema patriarcal vèdic que considerava que només els homes religiosos, com els bramans, eren els únics que podien assolir la Il·luminació. Amb tot això van deixar sense missatge d’esperança els més dèbils de la societat. I així, eliminada la base religiosa budista, sense substrat social i eliminat l’important paper transmissor cultural de la dona, es pot dir que el budisme indi va morir de pròpia inanició.
D'altra banda, tampoc no cal desestimar l’existència de temes tribals i de castes, que van tenir molt a veure en enemistats que han perdurat fins i tot fins al present, com va posar en evidència la partició de l'Índia en la seva descolonització.
De tot el què havia estat el budisme, de l’Indus al Ganges, cap al segle X només la part oest de Bengala i Bihar es mantenien com a baluard d’un budisme en decadència malgrat no haver rebut encara hostils influències alienes. Cap a l’any 730, el rei Gopala, budista, va fundar la dinastia Pala i va estendre el seu poder fins a Magadha. Els reis palas van governar aproximadament uns 450 anys, mantenint-se fidels al budisme. Però a l’est dels seus dominis, principalment a Kanauj (a l’actual estat d’ Uttar Pradesh), es va desenvolupar un estat que a partir del segle VIII es va anar convertint en baluard dels ensenyaments bramànics.
La revolució hinduista que definitivament va derrotar, que no eliminar, el budisme, està unida als noms de Kumarila Bhatta (cap el 750), creador de l’escola Mimamsa, i Adi Shankara (cap el 800), . Sabem de les doctrines d'aquests mestres, perquè moltes de les seves obres han arribat fins a l’actualitat. Shankara era un braman del sud que en una curta vida va trobar temps per escriure nombroses obres, viatjar per l'Índia i fundar cinc mandirs hinduistes. En doctrina, però, era més flexible que Kumarila, i assimilava molts aspectes clau del budisme.
Kumarila era oncle de Dharmakīrti, i es tenien mútua animadversió. Es diu que Kumarila, gran coneixedor del budisme, el va estudiar a Nālandā amb l'objectiu de refutar la doctrina budista a favor de la religió vèdica. Això no obstant, també es diu que va ser expulsat del Mahāvihāra quan va protestar contra Dharmakīrti, que ridiculitzava els rituals vèdics. Es diu així mateix que, tot i que va ser llançat des de la torre de la universitat, va sobreviure amb només una lesió a l'ull gràcies a la seva fe en la infal·libilitat dels Vedes.
Adi Shankara, tot i que no compartia l’excés de ritualisme de l’escola Mimamsa, sí que es va mostrar ferm opositor al budisme en temes com en la creença en déus o en el atman (el Jo o ànima). Se’l considera com l’unificador dels principals corrents de l’hinduisme.
Kumarila i Shankara són descrits a les fonts hindús com uns herois triomfants a les disputes públiques que es celebraven sovint amb els budistes, i en les que el vençut o bé havia de convertir-se en deixeble del vencedor o bé perdre la seva vida i, si era el cap d'una institució, cedir-ne la propietat. No hi ha evidència, però, de cap persecució general contra el budisme, però per a doblegar-lo tampoc no calia recórrer a la violència ja que una raja tenia al seu abast eficaços recursos coercitius. Per exemple, podia confiscar o transferir la propietat monàstica a un tercer, o podia prohibir als seus súbdits que donessin suport als monjos. Considerant l'estat de budisme tal com està descrit per Xuanzang i Yijing, unes mesures així serien suficients per assegurar un triomf de l’hinduisme a la major part de l'Índia.
Després de l'època de Shankara, la història de budisme indi es limita al regne Pala. A partir d’aleshores, només se’n sent a parlar en documents d’ajuts aïllats a monestirs o d’altres actes pietosos, encara que en un nombre força reduït en comparació amb el nombre d'inscripcions bramàniques. Però al regne Pala el budisme, encara que corrupte, seguia florint fins on el nombre dels seus partidaris i del favor reial podien. Gopala va fundar el monestir d'Odantapuri; Dharmapala va construir cal el 800 en una riba del nord del Ganges la universitat de Vikramashila, gairebé tant important com Nālandā ja que era un centre no solament de saber tàntric sinó de lògica i gramàtica on es van compondre molts comentaris i tractats. Els tibetans hi anaven a estudiar, i els llibres en sànscrit eren traduïts al tibetà. El lama i erudit tibetà Taranatha, diu que el rei Devapala va construir el monestir de Somapuri, va conquerir Orissa i va fer la guerra als no-creients al budisme, que s'havien tornat nombrosos, en gran part gràcies a prèdiques d’Adi Shankara.
Però tot i que la dinastia Pala afavoria el budisme, no actuava contra l’hinduisme. Fins i tot donaven ajudes als temples hindús, i els seus primers ministres eren generalment bramans que es dedicaven a posar imatges no budistes en santuaris budistes. La dinastia va continuar en el segle XI, i hi ha raons per suposar que en el segle XII el budisme encara estava força present a Bihar, que la seva sangha es xifrava en uns quants milers de monjos, i que el seu saber era apreciat. L’impacte que va acabar amb ell va ser el cop de la invasió musulmana de 1193.
Els musulmans no tenien un ànim especial contra el budisme sinó que, per fe, que tenien prohibit tota figuració de Déu o els seus profetes, estaven obsessionats en la destrucció dels ídols i l’anorreament dels infidels que hi creien. No obstant, això, mentre l’hinduisme s'estenia pel país tot i que fomentava la veneració de tot un ample panteó de deus i deesses, el budisme es recloïa en els grans monestirs de manera que, quan aquests eren destruïts, no en va romandre res a fora d'ells capaç de resistir el nou poder musulmà o la influència d’un ressorgit hinduisme.
Fins a la seva expansió en el segle XX per Europa, Amèrica i Oceania, el budisme es va mantenir ferm a la Indoxina i a Àsia central (a la Xina fins a l'arribada del Partit Comunista) i Oriental. A l'Índia, el budisme va tornar a ressorgir tímidament de la mà del moviment nacionalista indi. Mahatma Gandhi, que era hindú, va promoure la trobada de les religions índies i va donar suport a la recuperació de la tradició budista. Es va crear la Mahabodhi Society, dirigida pel monjo singalès Anagarika Dharmapala, aconseguint aviat la preservació i restauració del temple de Bodh Gaya, o la recuperació de les relíquies de Shāriputra i Moggallana, dos dels principals deixebles de Buda. I monjos Theravāda birmans, al seu torn, van ajudar a recompondre el budisme a Sri Lanka.
